• ფეისბუქი
  • linkedin
  • youtube

ახლახან აღმოვაჩინე რაღაც საოცარი!ბევრმა მოწინავე ექსპერიმენტის პროფესიონალმა მის ირგვლივ არც კი იცის ექსპერიმენტული ცოდნის ძირითადი პუნქტები.

მაგალითად, შეგიძლიათ უპასუხოთ შემდეგ კითხვებს?

არის განსხვავება OD260-სა და A260-ს შორის?რას ნიშნავს თითოეული?
OD არის ოპტიკური სიმკვრივის აბრევიატურა (ოპტიკური სიმკვრივე), A არის შთანთქმის (შთანთქმის) აბრევიატურა, ორი ცნება რეალურად იგივეა, "ოპტიკური სიმკვრივე" არის "შთანთქმა", მაგრამ "ოპტიკური სიმკვრივე" შეესაბამება უმეტეს ეროვნულ სტანდარტებს და უფრო სტანდარტიზებულია.

ჩვეულებრივ ჩვენ ვზომავთ OD-ის მნიშვნელობას 260 ნმ-ზე ნუკლეინის მჟავას კონცენტრაციის გამოსათვლელად, მაშ, რას წარმოადგენს 1OD?
ნუკლეინის მჟავას აქვს მაქსიმალური შთანთქმის პიკი ტალღის სიგრძეზე 260 ნმ, რომელიც შეიცავს როგორც დნმ-ს, ასევე რნმ-ს, ასევე ფრაგმენტულ ნუკლეინის მჟავას ფრაგმენტებს (ეს არის მთავარი წერტილი).
OD სიდიდე გაზომილი ტალღის სიგრძეზე 260 ნმ დაფიქსირდა, როგორც OD260.თუ ნიმუში სუფთაა, OD260 მნიშვნელობას შეუძლია გამოთვალოს ნუკლეინის მჟავის ნიმუშის კონცენტრაცია.
1 OD260=50 მკგ/მლ dsDNA (ორჯაჭვიანი დნმ)
=37 მკგ/მლ ssDNA (ერთჯაჭვიანი დნმ)
=40 მკგ/მლ რნმ
=30 მკგ/მლ dNTPs (ოლიგონუკლეოტიდები)
არის რაიმე კავშირი და განსხვავება RT-PCR, Realtime-PCR და QPCR შორის?
RT-PCR მოკლეა უკუ ტრანსკრიფციის PCR-ისთვის
Real Time PCR=qPCR, შემოკლება Quantitative Real Time PCR
მიუხედავად იმისა, რომ რეალურ დროში PCR (რეალურ დროში ფლუორესცენტური რაოდენობრივი PCR) და უკუ ტრანსკრიფციის PCR (უკუ ტრანსკრიფციის PCR) ორივე, როგორც ჩანს, შემოკლებულია როგორც RT-PCR.მაგრამ საერთაშორისო კონვენცია ასეთია: RT-PCR კონკრეტულად ეხება საპირისპირო ტრანსკრიფციის PCR-ს.

რა არის ჩვეულებრივ გამოყენებული nt, bp და kb ბიოლოგიაში დნმ/რნმ-ის სიგრძის აღსაწერად?
nt = ნუკლეოტიდი
bp = ბაზის წყვილი ბაზის წყვილი
კბ = კილობაზა

რა თქმა უნდა, თქვენ იტყვით, რომ ბევრს არ აინტერესებს ეს წვრილმანი!ყველა აკეთებს ამას და არავინ გკითხავს, ​​რა არის.თქვენ იცით, რომ ეს ზედმეტია, არა?

არა, არა, არა, ამის ცოდნა ძალიან აუცილებელია!რის გამო?
იმიტომ რომ გინდა სტატიის გამოქვეყნება!ძმაო!მიუხედავად იმისა, მიზნად ისახავთ სკოლის დამთავრებას თუ სამეცნიერო კვლევების მიღწევებს, სასაუბროდ უნდა დაეყრდნოთ სტატიებს!

ნუკლეინის მჟავას მოპოვება ყველაზე მარტივი და ძირითადი ექსპერიმენტი უნდა იყოს.ნუკლეინის მჟავის ექსტრაქციის ხარისხი პირდაპირ განსაზღვრავს შემდგომი ექსპერიმენტების შედეგებს.

მიუხედავად იმისა, რომ ბევრჯერ მითქვამს, მაინც ბევრი მეგობარია, ვისაც არ აინტერესებს.ამჯერად გადავწყვიტე სტატიიდან გამოსულიყო!

სურათი 1
მინიმალური ინფორმაცია რაოდენობრივი რეალურ დროში PCR ექსპერიმენტების გამოქვეყნებისთვის, მოხსენიებული, როგორც MIQE, არის ფლუორესცენციის რაოდენობრივი ექსპერიმენტების გაიდლაინების ნაკრები, რომელიც დაიწყო საერთაშორისო დონეზე, რომელიც გვთავაზობს მინიმალურ სტანდარტებს ექსპერიმენტული ინფორმაციისთვის, რომელიც აუცილებელია ფლუორესცენციის რაოდენობრივი PCR ექსპერიმენტების შესაფასებლად და სტატიების გამოქვეყნებისთვის.ექსპერიმენტატორის მიერ მოწოდებული ექსპერიმენტული პირობებისა და ანალიზის მეთოდების მეშვეობით, რეცენზენტებს შეუძლიათ უკეთ შეაფასონ მკვლევარის ექსპერიმენტული სქემის მართებულობა.
სურათი 2
ჩანს, რომ ნუკლეინის მჟავის ექსტრაქციის განყოფილებაში შემოთავაზებულია შემდეგი გამოვლენის ელემენტები:

"E" მიუთითებს ინფორმაციას, რომელიც უნდა იყოს მოწოდებული და "D" მიუთითებს ინფორმაციას, რომელიც უნდა იყოს მოწოდებული საჭიროების შემთხვევაში.

ფორმა ძალიან რთულია, ფაქტობრივად, მინდა ვთქვა, რომ ყველამ უნდა დაიწყოს

სისუფთავე (D), მოსავლიანობა (D), მთლიანობა (E) და თანმიმდევრულობა (E) ნუკლეინის მჟავების შესაფასებლად ამ ოთხ ასპექტში.

ექსპერიმენტული ჩვევების მიხედვით, ჯერ ისაუბრეთ სიწმინდისა და კონცენტრაციის შეფასების მეთოდებზე.

OD გაზომვა ექსპერიმენტატორებისთვის საყვარელი და მარტივი გამოვლენის მეთოდია.რაც შეეხება პრინციპს, აქ დეტალებს არ შევეხები.ახლა ბევრი ლაბორატორია იყენებს ულტრა მიკროსპექტროფოტომეტრებს ნუკლეინის მჟავების ნიმუშების რაოდენობრივი ანალიზისთვის.შთანთქმის მნიშვნელობის ჩვენებისას პროგრამა პირდაპირ იძლევა კონცენტრაციის მნიშვნელობას (ნუკლეინის მჟავა, ცილა და ფლუორესცენტური საღებავი) და დაკავშირებულ თანაფარდობებს.რაც შეეხება OD მნიშვნელობის ანალიზს, შეინახეთ ეს სურათი და კარგად იქნებით.

უნივერსალური OD მნიშვნელობის ამოხსნის სია

სურათი 3თუმცა, არსებობს რამდენიმე გაფრთხილება, რომელიც ცალკე უნდა იყოს თქვენთვის.

(ბოლოს და ბოლოს, მე ვიცი, რომ თქვენ უნდა დაზოგოთ და დაელოდოთ სანამ დაგჭირდებათ!)

შენიშვნა 1 აღჭურვილობა

OD მნიშვნელობაზე გავლენას მოახდენს სხვადასხვა აღჭურვილობა.სანამ OD260 არის გარკვეულ დიაპაზონში, OD230 და OD280 მნიშვნელობები მნიშვნელოვანია.მაგალითად, საერთო Eppendorf D30-ის შთანთქმის დიაპაზონი 260 ნმ-ზე არის 0~3A, ხოლო NanoDrop One of Thermo არის 260 ნმ.შთანთქმის დიაპაზონი 0.5-62.5A.

შენიშვნა 2განზავების რეაგენტი

OD მნიშვნელობაზე შეიძლება გავლენა იქონიოს სხვადასხვა რეაგენტების განზავებამ.მაგალითად, გასუფთავებული რნმ-ის OD260/280 კითხვა pH-ში7.5 10 მმ ტრისბუფერი არის 1.9-2.1 შორის, ხოლო inნეიტრალური წყალხსნარითანაფარდობა იქნება უფრო დაბალი, შესაძლოა მხოლოდ 1.8-2.0, მაგრამ ეს არ ნიშნავს, რომ რნმ-ის ხარისხი ცვლის განსხვავებას.

შენიშვნა 3ნარჩენი ნივთიერებები

ნარჩენი ნივთიერებების არსებობა გავლენას მოახდენს ნუკლეინის მჟავას კონცენტრაციის გაზომვის სიზუსტეზე, ამიტომ აუცილებელია ნუკლეინის მჟავას ნიმუშებში მაქსიმალურად თავიდან იქნას აცილებული ცილის, ფენოლის, პოლისაქარიდის და პოლიფენოლის ნარჩენები.

თუმცა, ფაქტობრივად, ორგანული რეაგენტებით მოპოვება ძველი მეთოდია.კომერციულ კომპლექტებში ექსტრაქციის ეფექტის მიღწევა შესაძლებელია სილიციუმზე დაფუძნებული ადსორბციული სვეტის საშუალებით, რომელიც კომბინირებულია ცენტრიფუგაციასთან, ტოქსიკური და მავნე ორგანული რეაგენტების თავიდან აცილების მიზნით, რომელთა ამოღება რთულია და ა.შ. პრობლემა, როგორიცააForegene-ის ნუკლეინის მჟავის ექსტრაქციის ნაკრები, არ იყენებს DNase/RNase და ტოქსიკურ ორგანულ რეაგენტებს მთელი ოპერაციის განმავლობაში, სწრაფი და უსაფრთხო, დაეფექტი არისკარგი(შემთხვევით თქვა, რომ მელოტი იყო, მაგრამ ვიცი, რომ გინდა იცოდე).

მაგალითი 1: გენომური დნმ-ის ექსტრაქციის გამოსავალი და სისუფთავე

Foregene ნიადაგის დნმ-ის იზოლაციის ნაკრები (DE-05511) ამუშავებს ნიადაგის ნიმუშებს სხვადასხვა წყაროდან და მიღებული გენომიური დნმ-ის რაოდენობა და სისუფთავე ნაჩვენებია შემდეგ ცხრილში:
სურათი 4მაგალითი 2: ქსოვილის რნმ-ის ექსტრაქციის გამოსავალი და სისუფთავე

ცხოველის მთლიანი რნმ-ის იზოლაციის ნაკრები (RE-03012) დამუშავებული სხვადასხვა ქსოვილის ნიმუშები და მიღებული რნმ-ის რაოდენობა და სისუფთავე ნაჩვენებია ქვემოთ მოცემულ ცხრილში (თაგვის ქსოვილისთვის):
სურათი 5თუმცა, არ იფიქროთ, რომ თქვენ დაასრულეთ OD მნიშვნელობა.გაქვთ რაიმე ზრუნვა იმ საკვანძო პუნქტებზე, რომლებიც მე დავხატე შენთვის წინ?

გაფრთხილება

ფრაგმენტირებული ნუკლეინის მჟავის მოლეკულები ასევე გამოითვლება შთანთქმაში.თუ ვივარაუდებთ, რომ თქვენ გაქვთ გენომიური დნმ-ის ნარჩენები რნმ-ში, თქვენი OD-ის მნიშვნელობა ძალიან მაღალი იქნება, მაგრამ რნმ-ის რეალური კონცენტრაციის დადგენა შეუძლებელია.არის თუ არა თქვენი რნმ. არ არის ნათელი, არის თუ არა დეგრადაცია, ამიტომ ჩვენ ჯერ კიდევ გვჭირდება ყოვლისმომცველი შეფასების მეთოდი უფრო ზუსტი განსჯის მისაღებად, ანუ ნუკლეინის მჟავას მთლიანობის შეფასება, რომელიც აღნიშნულია MIQE-ში.


გამოქვეყნების დრო: იან-13-2022